L'isola di Giannutri è raggiungibile da porto Santo Stefano tutti i giorni durante la stagione estiva (Giugno Settembre) mentre da Ottobre a Maggio solo di sabato e domenica. Trattandosi di un parco naturale è consentito fare il bagno solo in determinati luoghi e le immersioni potranno essere solo con visite guidate. Il servizio di traghetti è svolto dalla compagnia MareGiglio. E' consentito l'attracco di barche a motore e la permanenza in rada per la notte nelle aree di Cala Maestra e di Cala Spalmatoio.

A Giannutri non ci sono alberghi, solo circa 100 appartamenti, qualche villa ed un ristorante. I possessori di una casa sono organizzate in un "consorzio" che provvede anche a molto necessità dell'isola. E' possibile affittare alcune di queste abitazioni.